В 1499 году Эцио возвращается в Монтериджонни. После событий в Риме, он пытается забыться и наладить обычную мирскую жизнь в родовом поместье. Тишину и покой Эцио нарушает новая угроза со стороны тамплиеров – Чезаре, сын римского Папы и наследник рода Борджиа, намеревается раз и навсегда покончить с ассасинами и лично расквитаться с тем, кто лишил храмовников возможности править миром. Армия Борджиа осаждает Монтериджонни, при штурме виллы, на глазах у Эцио гибнет Марио. Сам же Эцио получает сильное огнестрельное ранение и перед тем как потерять сознание, видит, как Чезаре удаляется, держа в руках Частицу Эдема. Не известно, кто конкретно помог Эцио оправиться от ран и восстановить силы, но в 1500 году, уже в ранге мастера-ассасина, Аудиторе, в сопровождении Никколо Макиавелли, вновь пребывает в Рим - столицу некогда могущественной империи, а ныне - в полуразрушенный город, находящийся под властью жестокого и коварного правителя. Там он планирует нанести решающий удар по ордену тамплиеров и отомстить тем, кто повинен в гибели его родных. На стороне клана Борджиа церковь, войска, политическая элита и аристократия. Зная это, Аудиторе решает создать собственную «армию», которая помогла бы ему дать отпор храмовникам и освободить города Италии от папской тирании. Братство – сила, созданная для борьбы с тамплиерами, Эцио – тот, кто этой силой управляет. Вербуя и обучая новых убийц, Эцио возвращает ассасинам былую славу и могущество и теперь мало кто может противостоять тайному ордену, берущему своё начало от средневековых хашашинов – людей, сражавшихся за сохранность свободы воли.

Марио Аудиторе был одним из нескольких главных кондотьеров, патрулировавших территорию Тосканы. Прирожденный лидер, он начал свою военную карьеру в шесть лет, когда сыграл важную роль во время битвы при Ангиари: Марио сообщил Микелетто Аттендоло, флорентийскому генералу, что над дорогой появились клубы пыли - это означало приближение войска миланцев. Благодаря этому флорентийцы сумели остановить и разгромить врага. Хотя в битве при Ангиари Марио был на стороне Флоренции, большую часть жизни он защищал родной Монтериджони от нападений флорентийских войск. Когда в 1454 году Джованни, младший брат Марио, перебрался во Флоренцию, чтобы стать банкиром, Марио остался на своей вилле в Монтериджони. В письме, адресованном Джованни, он заметил, что предпочитает "драться как мужчина, а не возиться с конторскими книгами". После смерти Джованни Марио отвез Эцио, Клаудию и Марию на семейную виллу и там рассказал Эцио о противостоянии тамплиеров и ассасинов. С тех пор Эцио и его дядя были неразлучны.

Клаудия, третий ребенок и первая дочь Джованни и Марии Аудиторе. Родители баловали ее, но после смерти Джованни и двух ее братьев все изменилось. Клаудии, Эцио и Марии пришлось бежать в Монтериджони, на виллу Марио. Клаудия осталась на вилле заботиться о своей матери, почти впавшей в беспамятство, а Эцио отправился мстить убийцам. В ее дневнике, найденном археологами, описывается довольно скучная жизнь, оживление в которую вносили лишь краткие визиты Эцио. Пока же его не было, она распоряжалась его финансами. Под ее руководством Монтериджони процветал. Однако Клаудия так и не смогла вернуться в мир, который она любила. "Когда Эцио рассказывает о своих приключениях, я вспоминаю о том, что их я совершенно лишена. Не о такой жизни я мечтала в детстве, но Эцио этого не понимает. Он очень ласков со мной, но жизнь в этой тюрьме совершенно невыносима", - писала Клаудия в июле 1495 г.

"Завтра я буду печь болонский пирог. Пораньше пойду на рынок за яйцами и мясом, чтобы успеть открыть пекарню вовремя. Право же, та роскошная жизнь, которую мы ведем, редко дает нам время задуматься, что в любой момент мы можем лишиться всего того, что было дано нам свыше". Это последние строки дневника Марии. Мария родилась в семье влиятельных банкиров Моцци. Ее дневник, состоящий из нескольких книг, является одним из самых известных исторических источников; сейчас он выставлен в галерее Уффици во Флоренции. Теперь, благодаря Анимусу, мы знаем, почему она прекратила вести дневник. После ареста ее мужа Джованни, во время которого флорентийские стражники крайне жестоко с ней обошлись, Мария впала состояние, близкое кататонии. На вилле Аудиторе за ней ухаживала Клаудия, сестра Эцио. Мария много лет хранила молчание, пока Эцио не привез ей в подарок связку перьев, собранных в путешествиях, - когда-то перья коллекционировал Петруччо, младший сын Марии. Подарок Эцио вернул Марию к жизни, и постепенно она поправилась.